Dins de la medicina homeopàtica hi ha dues grans escoles que l'apliquen d'una manera diferent: la unicista i la pluralista.
Unicistes
En l'homeopatia unicista el medicament que es recepta s'adequa a la totalitat dels símptomes del pacient. El medicament es dóna amb la freqüència que el metge considera necessària per resoldre el problema. Segons els doctors homeòpates unicistes consultats, els resultats que s'aconsegueixen seguint aquesta escola són "profunds, estables i duradors".
Pluralistes
Per la seva banda, l'homeopatia pluralista sol prescriure diversos remeis i el metge els tria en funció dels símptomes concrets que presenta el pacient.
Ara bé, tot i aquestes dues línies de treball, nombrosos homeòpates combinen en la pràctica totes dues escoles, especialment quan fan servir alguns medicaments, com en una farmaciola homeopàtica de primers auxilis, al mateix temps que disposen d'un remei que reforça la globalitat psicofísica de la persona que atenen en el seu punt més feble.